El defensa central es originario de Argentina y disputó 43 partidos con el equipo de la frontera. Antes de pertenecer a Xolos, jugó para el Club Atlético Independiente de Argentina del 2014 al 2016. Aguilera se caracteriza por tener muy buena salida, por su velocidad. Además, es muy seguro por arriba en defensa. En fase ofensiva se caracteriza por buen golpeo con las dos piernas, y puede cobrar tiros libres. Emanuel Aguilera tuvo una destacada participación con las Águilas en el Clausura 2018.